Proteína de soro de leite isolada difere da proteína de soro de leite no processo de filtração. O resultado deste processo é uma pureza de cerca de 90% com níveis mais baixos de gordura e carbohidratos, o que faz com que esta proteína seja ideal para pessoas que querem aumentar a massa muscular magra (sempre acompanhada por uma dieta baixa em hidratos de carbono). Outra das grandes diferenças é a reduzida quantidade de lactose, sendo mais benéfica para pessoas com intolerância à lactose, reduzindo o nível de inchaço. O seu preço é um pouco mais elevado do que a proteína concentrada de soro, devido ao seu alto nível de pureza e a pequena quantidade de carbohidratos, gorduras e açúcares.